Penjaminan mutu pendidikan tinggi di perguruan tinggi adalah proses penetapan, pemenuhan, pengendalian, dan pengembangan standar mutu pengelolaan pendidikan tinggi secara konsisten dan berkelanjutan, sehingga stakeholders (taruna, orang tua, dunia kerja, pemerintah, dosen, tenaga penunjang, serta pihak lain yang berkepentingan) memperoleh kepuasan.
Karena itu, agar Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) Perguruan Tinggi dapat dilaksanakan dengan baik, maka dibentuk Satuan Penjaminan Mutu (SPM) Politeknik Kelautan dan Perikanan Sidoarjo Tujuan SPM adalah memelihara dan meningkatkan mutu pendidikan tinggi secara berkelanjutan (continuous improvement), yang dijalankan secara internal dengan prinsip PPEPP untuk mewujudkan visi dan misinya, serta memenuhi kebutuhan stakeholders melalui penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi.
Selain SPM pada tingkat Perguruan Tinggi, Politeknik Kelautan dan Perikanan Sidoarjo juga membentuk Gugus Penjaminan Mutu (GPM) tingkat Program Studi, yang bertugas melaksanakan system penjaminan mutu pada tingkat Program Studi.
Agar SPMI ini bisa diimplemetasikan, disusun pula standar pelayanan minimum/standar akademik Politeknik Kelautan dan Perikanan Sidoarjo sebagai acuan dalam penyelenggaraan proses pendidikan. Evaluasi proses pendidikan ini akan dilakukan secara internal dan eksternal. Evaluasi internal meliputi; evaluasi kinerja dosen oleh taruna serta evaluasi penyelenggaraan pendidikan oleh taruna dan dosen. Sedangkan evaluasi eksternal meliputi; evaluasi survey kepuasan masyarakat, survey kepuasan pengguna lulusan serta survey kepuasan pelayanan publik.
